Pembagian jadwal registrasi PUPNS dinilai kurang efektif dan efisien, hal ini dikarenakan beberapa PNS masih mengeluhkan server PUPNS sulit di akses dan sering terputus saat proses pengisian data, sehingga harus di ulang.
Semakin "mepet'nya batas akhir registrasi PUPNS membuat Aparatus negara ini harap-harap cemas mengingat sanksi yang diberikan bila tidak melakukan registrasi. Hingga saat ini masih banyak PNS yang mengaku belum selesai melakukan registrasi ulang, keluhan mereka pun tak jauh berbeda, yaitu susahnya mengakses situs PUPNS ini.
Terkait dengan masalah ini, belum ada rencana Panitia PUPNS untuk memperpanjang durasi jadwal Registrasi. Bagin PNS yang belum melakukan registrasi, diharapkan segera melakukan registrasi pada jadwal yang sudah ditentukan dan tidak menganggap remeh proses registrasi ini. PNS juga dihimbau untuk tidak bingung dan ketakutan secara berlebihan karna program ini berjalan hingga akhir Desember 2015.
Pendaftaran ulang Pegawai Negeri Sipil (PUPNS) adalah kegiatan Pemutakhiran data Pegawai yang dilakukan serentak secara online sejak bulan Juli hingga Desember 2015. Pemutakhiran data PNS meliputi Pemeriksaan data PNS yang sudah ada di Database, memperbaiki data yang salah, dan melengkapi data yang kurang atau belum lengkap pada database BKN.